В ФФУ пришло письмо из ФИФА, обязывающее выполнить четвертый пункт постановления дисциплинарного комитета о применении немедленных санкций по отношению к «Черноморцу» посредством снятия с одесской команды шести очков, набранных коллективом в осенней части чемпионата Украины. В конце 2008 года дисциплинарный комитет ФИФА рассмотрел вопрос о выполнении ФК «Черноморец» решения Спортивного арбитражного суда в Лозанне (CAS), которым были признаны обоснованными претензии экс-игрока «моряков» Джордже Инджича о невыполнении украинским клубом контрактных обязательств перед боснийским легионером.
Вся соответствующая документация была передана руководству УФПЛ, и 2 марта, в турнирную таблицу, были внесены соответствующие изменения с примечанием: Команда "Черноморец" Одесса лишена 6 (шести) турнирных очков согласно решения ДК ФИФА от 06.11.2008 г.
* Команда "ФК Харків" позбавлена 3 (трьох) турнірних очок згідно з рішенням ДК ПЛ від 06.05.2009 р.
17-10-2008
Припинено членство в ПФЛ України ФК «Комунальник» м. Луганськ і знято команду «Комунальник» із першості серед команд першої ліги згідно поданої заяви та протоколу Загальних зборів учасників ТОВ «Футбольний клуб «ФК «Комунальник» (відповідно п.1.1 ст.10 Статуту ПФЛ). Анулювано результати матчів за участю команди «Комунальник» у сезоні 2008/2009рр. (відповідно п.7 ст.17 Регламенту змагань).
22-01-2009
Знято 3 очки з ФК "Нафтовик-Укрнафта" Охтирка, згідно з рішенням КДК ФФУ.
25-03-2009
Знято зі змагань серед команд клубів першої ліги футбольну команду «Княжа». Зарахувати футбольній командй «Княжа» технічні поразки (-:+) в матчах, які залишилися, а командам-суперницям зарахувати технічні перемоги (+:-) відповідно до пункту 7 статті 17 Регламенту Всеукраїнських змагань з футболу серед команд клубів Професіональної футбольної ліги України сезону 2008/2009 років.
* Знято 3 очки з ФК "Дніпро" Черкаси, згідно з рішенням КДК ФФУ від 20.11.2008
* Знято 3 очки з ФК "Коростень" Коростень, згідно з рішенням ДК ПФЛ від 26.03.2009
* Знято 3 очки з ФК "Дніпро" Черкаси, згідно з рішенням ДК ПФЛ від 26.03.2009
* Знято 3 очки з ФК "Кремінь" Кременчук, згідно з рішенням ДК ПФЛ від 26.03.2009
** Знято 3 очки з ФК "Арсенал" Харків, згідно з рішенням ДК ПФЛ від 28.05.2009
*** Знято 6 очків з ФК "Гірник" Кривий Ріг, згідно з рішенням ДК ПФЛ від 28.05.2009
**** Знято 6 очків з ФК "Дніпро-75" Дніпропетровськ, згідно з рішенням ДК ПФЛ від 28.05.2009
***** Знято 6 очків з ФК "Суми" Суми, згідно з рішенням ДК ПФЛ від 28.05.2009
