Создание ФК "Десна" было провозглашено ещё в конце 1980-х. Однако в реальности такая структура появилась в январе 1994г. Первым президентом ФК был И.В.Федорец. Летом 1997 его сменил один из известных в то время в Чернигове предпринимателей. Однако результаты его деятельности на этом поприще оказались для Черниговсого футбола плачевными.

Нынешний ФК "Десна"(Чернигов), который с самого начала возглавил И.П.Чаус, был создан в сентябре 1999г.